Jeżeli w postępowaniu podatkowym po zakończeniu roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego organ podatkowy stwierdzi, że podatnik mimo ciążącego na nim obowiązku nie złożył deklaracji, wysokość zaliczek jest inna niż wykazana w deklaracji lub zaliczki nie zostały zapłacone w całości lub w części, organ ten wydaje decyzję, w której określa wysokość odsetek za zwłokę na dzień złożenia zeznania podatkowego za rok podatkowy lub inny okres rozliczeniowy, a w przypadku niezłożenia zeznania w terminie – odsetki na ostatni dzień terminu złożenia zeznania, przyjmując prawidłową wysokość zaliczek na podatek.
Stawka odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych określana jest na podstawie art. 56 § 1 ustawy ordynacja podatkowa i jest równa sumie 200% podstawowej stopy oprocentowania kredytu lombardowego, ustalanej zgodnie z przepisami o Narodowym Banku Polskim, i 2%, z tym że stawka ta nie może być niższa niż 8%. Ponadto ustawa przewiduje stawkę obniżoną 50% oraz stawkę podwyższoną w wysokości 150% stawki odsetek za zwłokę.
Wobec obniżenia stopy oprocentowania kredytu lombardowego do poziomu 1,00% aktualnie odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych wynoszą 8% w skali roku.
Opłata prolongacyjna stanowi opłatę wnoszoną przez podatnika, któremu na mocy decyzji organu podatkowego odroczono termin płatności podatku lub rozłożono na raty zapłatę podatku lub zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę i jest uiszczana w wysokości 50% stawki odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych